फेरोनेट

इस एप्लिकेशन के साथ reticulatora विकासवादी संबंधों का विश्लेषण करें।
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फेरोनेट रैंकिंग और सारांश

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  • Rating:
  • लाइसेंस:
  • GPL
  • प्रकाशक का नाम:
  • Department of Computer Science Rice University
  • ऑपरेटिंग सिस्टम:
  • Windows All
  • फाइल का आकार:
  • 1.4 MB

फेरोनेट टैग


फेरोनेट विवरण

फीलोनेट एक आसान, उपयोग करने में आसान उपकरण है जो विशेष रूप से उपयोगकर्ताओं को रेटिक्यूलेट (गैर-ट्रेलिक) विकासवादी संबंधों का पुनर्निर्माण और विश्लेषण करने के लिए उपकरणों का एक सूट प्रदान करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। विशेष रूप से, सॉफ़्टवेयर पैकेज में प्रजातियों / जीन पेड़ों की एक जोड़ी से क्षैतिज जीन हस्तांतरण के लिए विशेषताएं शामिल हैं, और अनुक्रम संरेखण में अंतरपत्र पुनर्मूल्यांकन ब्रेकपॉइंट्स का पता लगाने के लिए सुविधाएं शामिल हैं। इसके अलावा, इसमें phylogenetic नेटवर्क पढ़ने / भंडारण के लिए क्षमताओं है, और phylogenetic नेटवर्क टोपोलॉजी की तुलना। चूंकि phylogenetic नेटवर्क पुनर्निर्माण और मूल्यांकन के लिए एल्गोरिदम phylogenetic पेड़ों के डोमेन से एल्गोरिदमिक तकनीकों का उपयोग करते हैं, पैकेज में कई पेड़ उन्मुख विशेषताएं भी होती हैं, जैसे कि अधिकतम अनुबंध उपटेजों की गणना करने के लिए मॉड्यूल, रॉबिन्सन-फॉल्स दूरी उपायों आदि। मुख्य विशेषताएं: मस्त - अधिकतम समझौते सबट्री आरएफ - रॉबिन्सन-फॉल्स / सममित अंतर वृक्ष माप Riatahgt - प्रजातियों / जीन पेड़ की एक जोड़ी से एचजीटी घटनाओं का पता लगाने के लिए एक ह्युरिस्टिक एलसीए - एक पेड़ में नोड्स के एक सेट का कम से कम आम पूर्वज recopp - प्रतिबिंबित पुनर्मूल्यांकन ब्रेकपॉइंट्स का पता लगाने के लिए एक खिड़की आधारित विधि चारनेट - एक नेटवर्क में क्लस्टर, पेड़ और तिपाई की गणना के लिए एक उपकरण सीएमपीनेट - दो नेटवर्क के बीच की दूरी की गणना करने के लिए एक उपकरण नेटपर्स - phylogenetic नेटवर्क की पारसीबनी स्कोर करने के लिए एक उपकरण काउंटीकोल - एक प्रजाति पेड़ की शाखाओं के भीतर एक जीन के सभी वैध साम्राज्य परिदृश्यों का आकलन करने के लिए एक उपकरण GENCPLEX - एक एमआईएलपी फॉर्मूलेशन उत्पन्न करने के लिए एक उपकरण जिसे एक प्रजाति के पेड़ों के लिए सीपीएलएक्स द्वारा हल किया जा सकता है और जीन के पेड़ों का एक सेट genst - प्रजाति पेड़ topoloties उत्पन्न करने के लिए एक उपकरण संगत क्लस्टर के अधिकतम सेट के आधार पर। compute_st (यह उपकरण एक पर्ल स्क्रिप्ट है) - प्रजातियों के पेड़ के पेड़ के पेड़ के नीचे जीन पेड़ों से पुनर्निर्माण के लिए। INFE_ST - जीन पेड़ों से प्रजातियों के पेड़ का अनुमान लगाने के लिए। निहित तरीकों में एमडीसी, एमडीसी समय, कांच, विस्तारित बहुमत सर्वसम्मति और लोकतांत्रिक वोट शामिल है। deep_coal__count - जीन पेड़ों और प्रजातियों के पेड़ के एक सेट द्वारा योगदान अतिरिक्त वंशों की संख्या की गणना के लिए sim_gtinnetwork - यू एट अल में phylogenetic नेटवर्क मॉडल के तहत जीन पेड़ simulating के लिए। सिस्ट BIOL 2010 पेपर


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