सीएलसी जीनोमिक्स वर्कबेंच आपको अगली पीढ़ी अनुक्रमित डेटा का विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ करने की अनुमति देता है।
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सीएलसी जीनोमिक्स वर्कबेंच रैंकिंग और सारांश

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सीएलसी जीनोमिक्स वर्कबेंच विवरण

आप का विश्लेषण और अगली पीढ़ी के अनुक्रमण डेटा देख सकते हैं। सीएलसी जीनोमिक्स Workbench का विश्लेषण करने और अगली पीढ़ी के अनुक्रमण डेटा दृश्यमान करने के लिए हमारे नए समाधान। सीएलसी जीनोमिक्स Workbench को शामिल किया गया अत्याधुनिक प्रौद्योगिकी और एल्गोरिदम, जबकि यह भी समर्थन और अपने ठेठ NGS workflow.CLC जीनोमिक्स Workbench के बाकी के साथ एकीकृत बहुत तेजी से है और आप किसी भी आकार के जीनोम की विधानसभा संदर्भ करने की अनुमति देता है - केवल सीमा राशि है सॉफ्टवेयर चलाने मशीन पर RAM की। सीएलसी जीनोमिक्स Workbench भी विधानसभा एसएनपी का पता लगाने का समर्थन करने के नए सिरे से और नीचे की ओर विश्लेषण की एक बड़ी संख्या में सक्षम है। यहाँ "सीएलसी जीनोमिक्स Workbench" के कुछ प्रमुख विशेषताएं हैं: · नए सिरे से सेंगर, 454, Illumina जीनोम विश्लेषक, Helicos, और ठोस आंकड़ों के विधानसभा। · सेंगर, 454, Illumina जीनोम विश्लेषक, Helicos, और ठोस अनुक्रमण डेटा के विधानसभा संदर्भ। · मिश्रित डेटासेट (जैसे 454 और Illumina जीनोम विश्लेषक) के विधानसभा संदर्भ। · किसी भी आकार के जीनोम की विधानसभा संदर्भ। · मानक पढ़ने डेटा और समर्थन के विधानसभा बनती अंत की विधानसभा के लिए पढ़ता है / दोस्त जोड़ी किसी भी अनुक्रमण प्रौद्योगिकी के पढ़ता है। · बड़े पैमाने पर म्यूटेशन और rearrangements का पता लगाने के लिए उन्नत ग्राफिकल उपकरण। · एकल पढ़ता है - कवरेज और संघर्ष। · युग्मित-समाप्त होता है पढ़ता है - चित्रमय सिंहावलोकन। · युग्मित-समाप्त होता है पढ़ता है - सम्मिलन और विलोपन। · युग्मित-समाप्त होता है पढ़ता है - दोहराव और व्युत्क्रम। · फ़ाइल नाम से मल्टीप्लेक्स अनुक्रमण के लिए सहायता। · नमूना-विशिष्ट टैग द्वारा मल्टीप्लेक्स अनुक्रमण के लिए सहायता। · संदर्भ की मास्किंग विधानसभा जैसे जैसे एनोटेशन के आधार पर एक्सॉनों। · सीएलसी जैव के उच्च निष्पादन कम्प्यूटिंग समाधान के साथ एकीकरण, बहुत तेजी से विधानसभाओं बना रही है। · इंटरएक्टिव और जीनोम विधानसभाओं के ज़ूम करने योग्य देखने, अनुक्रमण पढ़ता है, गुणवत्ता डेटा, और संदर्भ दृश्यों भी शामिल है। नीचे की ओर विश्लेषण के साथ दर्शकों के पूर्ण एकीकरण। · गुणवत्ता की रिपोर्टिंग और कच्चे डेटा पर आँकड़े। · यह विज़ार्ड समानांतर टैग अनुक्रम डेटा को संभालने के लिए प्रयोग किया जाता है। टैग नमूने के उपयोग में नाटकीय रूप से अगली पीढ़ी sequencers का अनुक्रमण प्रवाह क्षमता बढ़ा सकते हैं। मिश्रित डेटा के इस नमूने का विश्लेषण जीनोमिक्स Workbench द्वारा किया जाता है। · मथायस मेयेर, उडो स्टेंज़ेल और माइकल Hofreiter, "454 मंच पर समानांतर टैग अनुक्रमण", प्रकृति प्रोटोकॉल 3, - 267 - 278 (2008) · यह विज़ार्ड समानांतर टैग अनुक्रम डेटा को संभालने के लिए प्रयोग किया जाता है। · फ़िल्टर करना और पढ़ता की ट्रिमिंग। · उन्नत एसएनपी का पता लगाने। · एसएनपी रिपोर्टिंग। · सीएलसी जैव सूचना विज्ञान डाटाबेस के साथ एकीकरण के लिए समर्थन। आवश्यकताएं: · 256 एमबी रैम की आवश्यकता है। · 2 जीबी रैम की सिफारिश की। · 1024 x 768 प्रदर्शन की सिफारिश की। · 3 डी देखने के लिए एक ओपन 3 डी ग्राफिक्स ड्राइवर (लगभग सभी ग्राफिक्स कार्ड के साथ शामिल है) की आवश्यकता है। · विधानसभा और जीनोम का विश्लेषण 10 मेगा ठिकानों पर निर्भर: 2 जीबी रैम की आवश्यकता; 4 जीबी रैम की सिफारिश की। · विधानसभा और बड़े जीनोम का विश्लेषण: 2 जीबी रैम की आवश्यकता; 8 जीबी रैम की सिफारिश की। · 64 बिट कंप्यूटर और ऑपरेटिंग सिस्टम से अधिक 2 जीबी रैम के लिए सिफारिश की। सीमाएं: 30 दिन परीक्षण अवधि। इस रिलीज में नया क्या है: लंबे समय के लिए · वैश्विक संरेखण पढ़ता जब संदर्भ विधानसभा एल्गोरिथ्म चल · गैप वाले रंग-अंतरिक्ष संरेखण संदर्भ विधानसभा चलने के दौरान · बड़े डेटा सेट पर सभी संचालनों में काफी सुधार की गति शाही सेना Seq विश्लेषण: · प्रदर्शन अनुकूलन: 44 Mio का एक रन माउस जीनोम के खिलाफ पढ़ता अब 32GB रैम के साथ एक आठ कोर कंप्यूटर पर 32 मिनट लगते हैं। यह अधिक से अधिक दो घंटे हुआ करता था। पिछले संस्करण के साथ, छोटे अस्थायी फ़ाइलों का एक बहुत बनाया गया था और नष्ट कर दिया है, और इस एक लंबे समय ले लिया और comupter के सामान्य जवाबदेही पर असर पड़ा। इसकी तुलना में, केवल अस्थायी फ़ाइलों का एक छोटा सा अंश नए संस्करण के साथ बनाया जाता है। · पढ़ने एक एक्सॉन-एक्सॉन जंक्शन फैले की न्यूनतम आवश्यक एक्सॉन-ओवरलैप निर्दिष्ट करने के लिए नया विकल्प। अधिक पढ़ें... · नई शाही सेना Seq रिपोर्ट जो विधानसभा प्रक्रिया के सांख्यिकीय सिंहावलोकन देता है। अधिक पढ़ें... · परिणाम तालिका अब रिपोर्ट एक्सॉन-exon- और intron-एक्सॉन जंक्शन स्पैनिंग की संख्या पढ़ता है। · परिणाम तालिका अब जीन की गुणसूत्र स्थान की रिपोर्ट। अधिक पढ़ें... · का विजुअलाइजेशन पढ़ता है उस अवधि एक्सॉन-एक्सॉन जंक्शनों। अधिक पढ़ें... · Intron-एक्सॉन और एक्सॉन-एक्सॉन सीमाओं को समान रूप से अच्छी तरह से मानचित्रण पुस्तकें अब अद्वितीय एक्सॉन-एक्सॉन स्पैनिंग पढ़ता के रूप में पहचाने जाते हैं। · RPKM बेहतर उपयोगकर्ता के मैनुअल में परिभाषित किया गया है। अधिक पढ़ें... · बहु हिट के लिए डिफ़ॉल्ट सेटिंग अब 10 Mortazavi कागज और पढ़ें के रूप में है ... · बहुत ही कम पढ़ता है अब और अधिक बेमेल की इजाजत दी इकट्ठे होते हैं। अभिव्यक्ति विश्लेषण: · ज्वालामुखी भूखंडों: यदि आप अब x- अक्ष पर साजिश करने के लिए मूल्यों को चुन सकते हैं। "अंतर" और "तह ​​परिवर्तन" के बीच चुनें। अधिक पढ़ें... · बार भूखंडों से पता चलता है एक ही अंतराल के रूप में बार साजिश में दिखाया जाता है की तालिका देखें। · तालिका प्रारूप में अभिव्यक्ति सरणी डेटा के लिए जेनेरिक आयातक। अधिक पढ़ें... · तालिका प्रारूप में अभिव्यक्ति प्रयोग व्याख्या संबंधी डेटा के लिए जेनेरिक आयातक। अधिक पढ़ें... · जीन आंटलजी (GO) फ़ाइलों अब एक अभिव्यक्ति प्रयोग व्याख्या करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता। अधिक पढ़ें... · टैग की रूपरेखा: अब आपको व्याख्या टैग नमूने, केवल प्रयोगों के लिए अनुमति दी जाती है · प्रयोग तालिका के साइड पैनल बेहतर अवलोकन प्रदान करने के लिए फिर से संगठित किया गया है। अधिक पढ़ें... आयात उच्च throughput अनुक्रमण डेटा: · आयात उपकरण फ़ाइल मेनू और उपकरण पट्टी करने के लिए उपकरण बॉक्स से ले जाया गया। अधिक पढ़ें.. · आयात और सैम संरेखण प्रारूप के निर्यात। अधिक पढ़ें... · टैब-सीमांकित स्वरूप में संरेखण डेटा, अलंड संरेखण प्रारूप सहित का आयात। अधिक पढ़ें... · Illumina QSEQ फ़ाइल स्वरूप का आयात। अधिक पढ़ें... · 454 डेटा में लिंकर भी गैर आदर्श के लिए पाया जाता है और अधिक से मेल खाता है और पढ़ें ... contigs की बढ़ी दृश्य: · बनती अंत के अंदर संयुक्त राष्ट्र के गठबंधन न्यूक्लियोटाइड पढ़ने अब दिखाए जाते हैं · युग्मित अंत पढ़ता अंतराल के बजाय जोड़ी को जोड़ने एक पंक्ति है · खींचें हैंडल स्थानांतरित करने के लिए गठबंधन / असंरेखित सीमा केवल दिखाए जाते हैं जब आप पढ़ता के आधार देख सकते हैं। इसका मतलब है आप की जरूरत है कि 100% या अधिक और चुने हुए Compactness स्तरों "कॉम्पैक्ट नहीं" या "कम" में ज़ूम इन किया है करने के लिए। अन्यथा खींच लिए हैंडल उपलब्ध नहीं हैं (इस आदेश विज़ुअल अवलोकन अधिक सरल बनाने के लिए किया जाता है)। अधिक पढ़ें.... · यह प्रदर्शन जोड़े कि ओवरलैप के लिए संभव है · Unassembled एक से पढ़ता विधानसभा को अब अपने बनती अंत स्थिति (यह भी मतलब है कि आप दो सूचियों प्राप्त कर सकते हैं बरकरार रखता है - टूट जोड़े के शेष के साथ जोड़े के साथ एक और एक · एसएनपी का पता लगाने उत्पादन तालिका अब रिपोर्ट यदि एक से अधिक गैर पर्याय SNPs ही कोडोन में मौजूद · एसएनपी का पता लगाने संवाद: गुणवत्ता को छानने नहीं रह गया है विकलांग जब गुणवत्ता स्कोर याद कर रहे हैं है। प्रदर्शन के मुद्दों के कारण यह यदि गुणवत्ता स्कोर मौजूद हैं जाँच करने के लिए संभव नहीं है। एसएनपी का पता लगाने को छानने गुणवत्ता स्कोर अभी छोड़ देते हैं, तो गुणवत्ता स्कोर मौजूद नहीं हैं जाएगा। · एसएनपी का पता लगाने: 1 प्रतिशत से भी कम समय आवृत्ति के साथ वेरिएंट पता लगाने के लिए संभव। · Contig रिपोर्ट अब दोनों शामिल प्रासंगिक क्षेत्रों और पूरे संदर्भ के लिए कवरेज के बारे में जानकारी शामिल है। अधिक पढ़ें... · अंतराल भी आम सहमति अनुक्रम शुरू होने से पहले और यह समाप्त होने के बाद Ns डाल देंगे सहित उद्घाटन आम सहमति अनुक्रम · ट्रिम कार्यक्षमता अब पढ़ने के दोनों छोर से न्यूक्लियोटाइड की एक पूर्वनिर्धारित संख्या दूर ट्रिम करने के लिए विकल्प भी शामिल है। अधिक पढ़ें... · गेटवे क्लोनिंग। गेटवे प्रवेश और अभिव्यक्ति क्लोन बनाने के लिए सरल और आसान से उपयोग समर्थन करते हैं। अधिक पढ़ें... · अपने सहेजे गए सभी प्राइमरों में मेल के लिए खोजें। ढूँढें बाइंडिंग साइटें उपकरण बहुत अब आप अपने सभी प्राइमरों के बीच खोज करने के लिए अनुमति देने के लिए सुधार किया गया है। इसके अलावा, आप भी बाध्यकारी साइटों और संभव टुकड़े की एक सारणी उत्पादन मिलता है। अधिक पढ़ें... · में सिलिको पीसीआर: प्राइमर जोड़ी और टेम्पलेट अनुक्रम (प्राइमर एक्सटेंशन सहित) के आधार पर पीसीआर उत्पाद बनाने। बेहतर ढूँढें का हिस्सा साइटें बाध्यकारी और टुकड़े उपकरण बनाने के रूप में, आप एक राइट-क्लिक मेनू के माध्यम से टुकड़े की सूची से पीसीआर उत्पाद निकाल सकते हैं। अधिक पढ़ें... · प्राइमर विशिष्टता की जाँच करें। बेहतर ढूँढें का हिस्सा साइटें बाध्यकारी और टुकड़े उपकरण बनाने के रूप में, आप संभावित लक्ष्य दृश्यों की एक सूची में एक प्राइमर जोड़ी के साथ खोज और साइटों और बेमेल के साथ ही संभावित पीसीआर टुकड़े बंधन के एक सिंहावलोकन तालिका देख सकते हैं। अधिक पढ़ें... तैनाती: · आप इस्तेमाल किया डिफ़ॉल्ट डेटा स्थान के लिए एक पथ सेट कर सकते जब Workbench पहली बार के लिए शुरू होता है। यह मदद सिस्टम प्रशासक नियंत्रित करने के लिए एक सुविधा है जहां डिफ़ॉल्ट अपने डेटा को बचाने प्रति नए प्रतिष्ठानों। अधिक पढ़ें... · इंटरनेट एक्सेस करने उपकरणों को हटाने के लिए समर्थन (एन सी बी आई ब्लास्ट, नई जानकारी की सूचनाएं आदि)। अधिक पढ़ें... जनरल आयात और निर्यात: · GFF फाइलों से जटिल क्षेत्रों के आयात के लिए समर्थन · निर्यात टेबल और एक्सेल प्रारूप में रिपोर्ट। · उपयोगकर्ता का आयात खंड के मैनुअल बेहतर अवलोकन और पढ़ें .... अभिव्यक्ति डेटा आयातकों अब तकनीकी जानकारी में और अधिक पढ़ें एक अलग खंड में वर्णन किया गया है प्रदान करने के लिए फिर से संरचित .... · अब आप FASTA प्रारूप में एकाधिक अनुक्रम सूचियों निर्यात कर सकते हैं · ज़िप फ़ाइलों की जबरदस्ती आयात अब समर्थित है (यह आयात ज़िप फ़ाइल की सामग्री को बाध्य करेगा) · मानक आयात अब gzip और टार फाइलों के साथ ही ज़िप स्वीकार करता है · यदि एक जबरन आयात विफल हो जाता है, तो गलत होने के बारे में और अधिक तकनीकी जानकारी होगी, जिससे आप आयात फ़ाइलों के खराब स्वरूपण की पहचान कर सकते हैं जेनबैंक और जीएफएफ आयातक दोनों अब जीन नाम देने के कई प्रयास करते हैं जिनके पास जीन का नाम नहीं है। यह निम्नलिखित क्वालीफायर को आज़माएगा: "उत्पाद", "LOCUS_TAG", "PROTEIN_ID" और "ट्रांसक्रिप्ट_ID" · जेनबैंक फ़ाइलों को आयात करते समय जहां कहा गया लंबाई वास्तविक अनुक्रम से मेल नहीं खाती है, एक चेतावनी दिखायी जाती है लेकिन अनुक्रम स्वीकार किया जाता है। · सीएसवी प्रारूप में निर्यात करते समय, लोकेल सेटिंग्स का उपयोग यह निर्धारित करने के लिए किया जाता है कि डीलमीटर के रूप में अल्पविराम या अर्ध-कॉलन का उपयोग किया जाना चाहिए (अल्पविराम हमारे लिए उपयोग किए जाने वाले अल्पविराम) जटिल एनोटेशन स्वीकार करने के लिए GFF प्लग-इन अद्यतन किया गया है विविध: · एनोटेशन टेबल का उपयोग करके एनोटेशन का उन्नत रीटिपिंग। अधिक पढ़ें... · एक पूर्ण डिस्क डेटा की बचत को रोकता है जब स्थितियों की बेहतर रिपोर्टिंग · खोज तालिका से ड्रैग और ड्रॉप का उपयोग करके अनुक्रम डाउनलोड करना अब फ़ोल्डर में "डाउनलोडिंग ..." नोड बनाता है। प्रक्रिया टैब में डाउनलोड प्रक्रिया की निगरानी की जा सकती है। · प्राइमर डिजाइन अब 5000 बीपी से अधिक पीआरआर टुकड़ों का समर्थन करता है। · फ़ाइल मनु से टूलबॉक्स-> सामान्य अनुक्रम विश्लेषण स्थानांतरित करने के अनुक्रम निकालें। अधिक पढ़ें... विभिन्न संवादों पर बेहतर प्रगति प्रतिक्रिया कंप्यूटर प्रोग्राम या प्रणाली में बग को दूर करना: आरएनए-सीक प्रयोगों की स्थापना करते समय जीन के आदेश के साथ समस्या। यदि इनपुट अनुक्रमों का क्रम सभी नमूने के लिए समान नहीं था, तो प्रयोग गलत होगा। · ठोस मेट-जोड़ी डेटा का गलत गलत अभिविन्यास टैब की नामकरण के साथ निश्चित समस्या। फिक्स का मतलब है कि विंडोज़ और लिनक्स सहेजे गए डेटा पर अब टैब नाम बोल्ड और इटैलिक बनाने के बजाय * * प्राप्त हो जाता है। (यह हमेशा मैक ओएस एक्स पर व्यवहार रहा है)। · डेटा की प्रतिलिपि बनाने और फिर फ़ोल्डर को अपडेट करने के दौरान "प्रतिलिपि ..." लेबल प्रदर्शित करने वाली निश्चित समस्या · 15 बीपी से कम पढ़ने के दौरान भ्रामक लेबल। अब यह कहता है कि इन पाठों को असेंबली में अनदेखा किया जाएगा

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