जानवर आणविक अनुक्रमों के Bayesian एमसीएमसी विश्लेषण के लिए क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म ऐप
अब डाउनलोड करो

जानवर रैंकिंग और सारांश

जानवर टैग

विश्लेषण - एमसीएमसी विश्लेषण बेयसियन विश्लेषण आणविक अनुक्रम का विश्लेषण करें एमसीएमसी

जानवर विवरण

आणविक अनुक्रमों के Bayesian एमसीएमसी विश्लेषण के लिए क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म ऐप जानवर (बेयसियन विकासवादी विश्लेषण नमूना पेड़) आणविक अनुक्रमों से विकासवादी अनुमान के लिए एक नि: शुल्क और खुला स्रोत अनुप्रयोग है। Beast आणविक अनुक्रमों के Bayesian एमसीएमसी विश्लेषण के लिए एक क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म ऐप है। जानवर सख्त या आराम से आणविक घड़ी मॉडल का उपयोग करके अनुमानित, समय-मापा phylogenies की ओर उन्मुख है। Peast को phylogenies पुनर्निर्माण की एक विधि के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है लेकिन एक पेड़ टोपोलॉजी पर कंडीशनिंग के बिना विकासवादी परिकल्पना परीक्षण के लिए एक ढांचा भी है। बीस्ट पेड़ की जगह पर औसत करने के लिए एमसीएमसी का उपयोग करता है, ताकि प्रत्येक पेड़ को इसकी पिछली संभावना के लिए आनुपातिक भारित किया जा सके। "जानवर" की कुछ प्रमुख विशेषताएं यहां दी गई हैं: निरंतर दर आणविक घड़ी मॉडल। · यह डिफ़ॉल्ट मॉडल है। एक उत्परिवर्तन दर निर्दिष्ट करके पेड़ को कैलिब्रेटेड किया जा सकता है। · परिवर्तनीय दर (आराम से) आणविक घड़ी मॉडल। · ड्रमॉन्ड, हो, फिलिप्स और रामबॉट (2006, प्लोस बायोलॉजी) के असंबद्ध आराम से घड़ी मॉडल लागू करता है पूर्ण उद्धरण के लिए नीचे देखें। Divergence दिनांक अनुमान। विशिष्ट हाल के सामान्य पूर्वजों (एमआरसीए) के लिए विचलन की तिथियां अनुमानित की जा सकती हैं। गैर समकालीन अनुक्रम (! टिपडेट) आणविक घड़ी मॉडल। · जब अनुक्रमों से जुड़ी तिथियों में मतभेदों में पूरे पेड़ की आयु का एक महत्वपूर्ण अनुपात होता है, तो इन तिथियों को प्रतिस्थापन की दर के बारे में जानकारी का स्रोत प्रदान करने वाले मॉडल में शामिल किया जा सकता है। साइटों में प्रतिस्थापन मॉडल विषमता। विभिन्न प्रतिस्थापन मॉडल साइटों के विभिन्न सेटों के लिए निर्दिष्ट किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, प्रत्येक कोडन स्थिति को एक अलग प्रतिस्थापन मैट्रिक्स और दर विषमता के गामा मॉडल की अनुमति दी जा सकती है। लचीला मॉडल विनिर्देश। मॉडल-विनिर्देश फ़ाइल प्रारूप काफी लचीलापन की अनुमति देता है। उदाहरण के लिए, यह निर्दिष्ट करना संभव है कि प्रत्येक कोडन स्थिति में एक अलग दर है, दर विषमता की एक अलग डिग्री लेकिन एक ही संक्रमण / ट्रांसवर्सन अनुपात। प्रतिस्थापन मॉडल की रेंज। जानवर (Bayesian विकासवादी विश्लेषण नमूना पेड़) आणविक अनुक्रमों से विकासवादी अनुमान के लिए एक नि: शुल्क और खुला स्रोत आवेदन है। पैरामीटर पर priors की लचीली पसंद। · किसी भी पैरामीटर को पहले दिया जा सकता है। उदाहरण के लिए, पेड़ की जड़ की उम्र को किसी दिए गए औसत से पहले घातीय दिया जा सकता है। आबादी के आकार और विकास के संकुचित मॉडल। · सामूहिक जनसंख्या वृद्धि के विभिन्न मॉडल का उपयोग किया जा सकता है। वर्तमान में, निरंतर आकार और घातीय वृद्धि उपलब्ध है लेकिन जल्द ही अधिक जोड़ा जाएगा। ये मॉडल मूल रूप से पेड़ में नोड्स की उम्र पर उत्सुकों के रूप में कार्य करते हैं लेकिन पैरामीटर (जनसंख्या आकार और विकास दर) का नमूना और अनुमान लगाया जा सकता है। बहु-स्थान COLLESCENT मॉडल। · दो अनलिंक किए गए जीन को एक ही समग्र आबादी मॉडल दिया जा सकता है लेकिन एक अलग प्रतिस्थापन प्रक्रिया और पेड़, बहु-स्थान संक्रमित अनुमान के उत्पादन की अनुमति देता है। स्थानीय घड़ी आणविक घड़ी मॉडल। · पेड़ में विभिन्न clades को अलग-अलग दरों (या वास्तव में, पूरी तरह से अलग प्रतिस्थापन प्रक्रियाओं) की अनुमति देना। इस रिलीज में नया क्या है: नए विशेषताएँ: जानवर के जीयूआई संस्करण विभिन्न विकल्पों को सेट करने के लिए एक संवाद बॉक्स दिखाएं जो अन्यथा कमांड-लाइन द्वारा उपलब्ध हैं। कंप्यूटर प्रोग्राम या प्रणाली में बग को दूर करना: · समस्या 55: एमसीएमसी स्क्रीन लॉग वर्तमान में काम नहीं करता है। · समस्या 70: कोडन पदों में सौंदर्य और विभाजन · समस्या 72: Beauti को Gtr मॉडल पैरामीटर को कड़ी मेहनत करनी चाहिए · समस्या 122: CTRL-A BEAUTI -> अपवाद · मुद्दा 127: Beauti पूर्व पैनल, पूर्व ऊपरी और निचला नहीं दिखाता है · अनंतता · अंक 128: Beauti: वृक्ष पूर्व रसद विकास के लिए उपलब्ध नहीं है अंशांकन · अंक 146: Beauti: बाइनरी कॉवेरियन मॉडल · समस्या 169: Beauti में फ़ाइल नाम स्टेम को संपादित करना सम्मिलन का कारण बनता है · अंत तक कूदने के लिए इंगित करें · समस्या 173: Beauti: आंशिक रूप से लिंक अपवाद · मुद्दा 181: Beauti: जोड़ने के दौरान डिफ़ॉल्ट व्यवहार में वृद्धि की आवश्यकता है · सभी को अनलिंक करने के बाद अतिरिक्त संरेखण · समस्या 19 3: बेहतर अभिसरण नैदानिक: की गणना प्रभावी आकार नमूने को जोड़कर संयुक्त रन · समस्या 19 4: Beauti: मूल्य बदलते समय पूर्व सेटिंग अपवाद · अंक 199: ट्रैसर गुणक के दौरान केवल पहली लॉग फ़ाइल प्रविष्टि दिखाता है · प्रविष्टियों का नाम समान है · समस्या 201: एमसीएमसी पैनल में फ़ाइल नाम स्टेम संपादित करने से सम्मिलन बिंदु का कारण बनता है · समाप्त करने के लिए कूदना · मुद्दा 202: जेडीके 1.6 कक्षाओं का उत्पादन करने वाली स्क्रिप्ट बनाएं ताकि वितरण विफल हो जाए · जेडीके 1.5 के साथ मशीनों पर · अंक 203: Launch4j बग NucleotideLikelihoodCore.dll के लिंक को प्रभावित करने वाले · अंक 204: खूबसूरत: पेड़ से पहले लगातार आकार नोड अंशांकन के लिए काम नहीं कर रहा · अंक 205: गपशप जानकारी विंडोज़ का उपयोग कंसोल में गायब हो गया · पैरामीटर जानवर को चलाने के लिए · अंक 209: रोगज़नक़ खुराक संकलन नहीं · अंक 211: खूबसूरत: एमिनो एसिड साइट मॉडल एक्सएमएल गलत है · अंक 212: जानवर लिनक्स संस्करण: जरूरत chmod 755 * · अंक 215: मैक पैकेजिंग के लिए डिफ़ॉल्ट स्मृति आवंटन बहुत छोटे हैं · अंक 216: लिनक्स पैकेजिंग के लिए डिफ़ॉल्ट स्मृति आवंटन बहुत छोटे हैं · अंक 217: मैक ओएस एक्स पैकेजिंग के साथ कोई समस्या · अंक 218: BeastMain विकल्पों त्रुटि दे संवाद "अवैध प्रवेश मूल्य · 1 और २१४७४८६३६४७ के बीच होना चाहिए " · अंक 220: शेल स्क्रिप्ट आदेश पंक्ति में जानवर लांच करने के लिए सामना नहीं कर सकते · पथ में रिक्त स्थान के साथ। · अंक 221: Reweight खूबसूरत में प्रतिस्थापन मॉडल ऑपरेटरों · अंक 222: 'treeLikelihood' का नामकरण जब केवल 1 विभाजन · 223 मुद्दा: एक विशेषता के रूप में 'ऑपरेटर विश्लेषण' फ़ाइल नाम सेट करें · एमसीएमसी तत्व · अंक 225: TreePartitionCoalescent मौजूदा नहीं है · अंक 226: release_parsers.properties में पारसर्स अद्यतन करने की आवश्यकता · अंक 227: फिक्स BeastDoc जानवर उपयोगकर्ताओं के लिए टैग दस्तावेज़ उत्पन्न करने के लिए · अंक 229: परीक्षण ढांचे का एक और विफलता · अंक 231: देरी प्रदर्शन मापन के बाद जब तक शुरू · पूर्ण मूल्यांकन · अंक 232: मैक (? विंडोज़) जानवर के संस्करण कंसोल त्रुटि को बंद होगा · अंक 234: खतरनाक बनाओ त्रुटि थोड़ा "प्रारंभिक पीछे शून्य है" · डिबग करने के लिए अधिक अनुकूल · अंक 236: dr.evomodel.operators.TraitGibbsOperator साथ दोहराया गया है · या तो release_parser.properties या BeastParser.java में पारसर्स · अंक 237: खूबसूरत: टैक्सोन सेट से निपटने नहीं बहु पेड़ विभाजन · अंक 238: 'पैटर्न' का नामकरण जब केवल 1 विभाजन · अंक 240: खूबसूरत: डिफ़ॉल्ट treeLikelihood की useAmbiguities होना चाहिए · विनय Covarion के लिए सच के रूप में · अंक 242: खूबसूरत: एक चेक बॉक्स में useAmbiguities चयन करने के लिए बनाने के · बाइनरी डेटा के लिए treeLikelihood · अंक 244: अत्यावश्यक: डिफ़ॉल्ट पूर्व समीक्षा · अंक 247: खूबसूरत: frequecies में गलत एक्सएमएल अनुभवजन्य द्विआधारी चुनने · COVARION मॉडल · अंक 248: खूबसूरत अपवाद (* जानवर) जब एक के लिए कुछ ही taxa जोड़ने कुल में दिए गए विभिन्न taxa द्वारा · पेड़ मॉडल · अंक 250: खूबसूरत: बहु जीन के लिए गलत संरेखण ब्लॉक जब चुनने · "खाली संरेखण बनाने" · अंक 253: खूबसूरत डिफ़ॉल्ट महंतों जब जांच करने के लिए एक पॉप-अप बॉक्स जोड़ने · क्लिक जानवर फ़ाइल जनरेट करें · अंक 254: खूबसूरत उत्पन्न एक्सएमएल बटन सभी डेटा के बाद अक्षम होना चाहिए · विभाजन हटाया · अंक 255: रिलीज़ संस्करण के लिए डिफ़ॉल्ट रूप से पार्सर चेतावनियों को बंद · अंक 256: खूबसूरत: XML में टिप्पणी जोड़ें "skyride.logPopSize लॉग इकाई है · विपरीत अन्य popSize " · अंक 257: खूबसूरत: बाइनरी डेटा और कई विभाजन उत्पन्न नहीं करता है · SiteModel सही ढंग से · अंक 259: खूबसूरत: मैक ओएस एमसीएमसी पैनल समस्या · अंक 260: खूबसूरत: सही अंग्रेजी · अंक 261: आईडी शून्य के साथ पार्स करने में त्रुटि तत्व · अंक 262: testCataclysmCoalescent.xml की गलत एक्सएमएल · अंक 264: ImportException: के लिए संख्या प्रारूप त्रुटि

जानवर संबंधित सॉफ्टवेयर