MRBayes एक सरल, आसान उपयोग अनुप्रयोग है जो विशेष रूप से phylogeny के Bayesian अनुमान के लिए डिजाइन किया गया है। कार्यक्रम एक नेक्सस फ़ाइल प्रारूप में एक चरित्र मैट्रिक्स इनपुट के रूप में लेता है। आउटपुट एमसीएमसी एल्गोरिदम द्वारा नमूने वाले पैरामीटर के साथ कई फाइलें हैं। MRBayes उपयोगकर्ता के लिए इन फ़ाइलों में जानकारी का सारांशित कर सकते हैं। मुख्य विशेषताएं: मैकिंतोश, विंडोज, और यूनिक्स ऑपरेटिंग सिस्टम के लिए एक सामान्य कमांड लाइन इंटरफ़ेस; कमांड लाइन के माध्यम से व्यापक सहायता उपलब्ध; न्यूक्लियोटाइड, एमिनो एसिड, प्रतिबंध साइट, और morphological डेटा का विश्लेषण करने की क्षमता; एक विश्लेषण में आणविक और morphological वर्णों जैसे डेटा प्रकारों का मिश्रण; डेटा विभाजन में पैरामीटर असाइन करने के लिए एक सामान्य विधि; 4 एक्स 4, डबललेट, और न्यूक्लियोटाइड डेटा के लिए कोडन मॉडल सहित विकासवादी मॉडल की एक बहुतायत और एमिनो एसिड डेटा के लिए मानक दर मैट्रिस के कई; सकारात्मक रूप से अनुमानित साइट्स पूरी तरह से पदानुक्रमित बेयस ढांचे में।
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