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वीएमडी को प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, लिपिड बिलायर असेंबली इत्यादि जैसे जैविक प्रणालियों के दृश्य और विश्लेषण के लिए डिज़ाइन किया गया है। इसका उपयोग अधिक सामान्य अणुओं को देखने के लिए किया जा सकता है, क्योंकि वीएमडी पढ़ सकता है मानक प्रोटीन डेटा बैंक (पीडीबी) फाइलें और निहित संरचना प्रदर्शित करें। वीएमडी प्रतिपादन और रंग अणु के लिए विभिन्न प्रकार के तरीकों को प्रदान करता है। वीएमडी का उपयोग आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन के प्रक्षेपवक्र को एनिमेट और विश्लेषण करने के लिए किया जा सकता है, और रिमोट कंप्यूटर (इंटरैक्टिव एमडी) पर अनुकरण किए जा रहे अणुओं को इंटरैक्टिव रूप से हेरफेर कर सकते हैं। वीएमडी की मुख्य विशेषताएं में शामिल हैं: सभी प्रमुख कंप्यूटर प्लेटफार्मों के लिए समर्थन मल्टीकोर प्रोसेसर के लिए समर्थन जीपीयू त्वरित गणना के लिए समर्थन कई उत्कृष्ट वीएमडी ट्यूटोरियल स्थानीय रूप से विकसित हुए हैं, और अनुसंधान समुदाय द्वारा बड़े पैमाने पर उपलब्ध स्मृति को छोड़कर अणुओं, परमाणुओं, अवशेषों या प्रक्षेपवक्र फ्रेम की संख्या पर कोई सीमा नहीं है कई आणविक प्रतिपादन और रंग विधियों स्टीरियो प्रदर्शन क्षमता प्रदर्शन के लिए परमाणुओं के सबसेट चुनने के लिए व्यापक परमाणु चयन वाक्यविन्यास (बूलियन ऑपरेटरों, नियमित अभिव्यक्तियों, और अधिक शामिल हैं) अंतर्निहित फ़ाइल रीडर / लेखक प्लगइन्स और अनुवादकों की एक विस्तृत पुस्तकालय के माध्यम से 60 से अधिक आणविक फ़ाइल स्वरूपों और डेटा प्रकारों के लिए समर्थन वीएमडी में एक एकाधिक अनुक्रम संरेखण प्लगइन, एक एकीकृत जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण वातावरण शामिल है जो प्रोटीन और न्यूक्लिक एसिड के लिए अनुक्रम और संरचना डेटा दोनों को व्यवस्थित, प्रदर्शन और विश्लेषण करने की अनुमति देता है। फ़ाइलों को प्रदर्शित ग्राफिक्स को निर्यात करने की क्षमता जो कई लोकप्रिय किरण ट्रेसिंग और छवि प्रतिपादन पैकेज द्वारा संसाधित की जा सकती है, जिसमें पीओवी-रे, रायशाडे, रास्टर 3 डी, और टैचियन शामिल हैं। उपयोगकर्ता-एक्स्टेंसिबल ग्राफिकल और टेक्स्ट-आधारित उपयोगकर्ता इंटरफेस, बिल्ट-ऑन स्टैंडर्ड टीसीएल / टीके और पायथन स्क्रिप्टिंग भाषाएं टीसीएल भाषा के लिए एक्सटेंशन जो शोधकर्ताओं को आणविक विश्लेषण के लिए अपनी खुद की दिनचर्या लिखने में सक्षम बनाता है

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