पूर्वज दूरी-आधारित Bayesian विधि द्वारा पैतृक एमिनो एसिड अनुक्रमों का अनुमान
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पूर्वज विवरण

पूर्वजों के आवेदन को होमोलोगस एमिनो एसिड अनुक्रमों के एक सेट से पैतृक एमिनो एसिड अनुक्रमों का पता लगाने के लिए डिज़ाइन किया गया था, जिनके phylogenetic संबंध ज्ञात हैं। इस पैकेज में एक प्रोग्राम है: Ancestor.exe, जो सी भाषा में लिखा गया है। कार्यक्रम का उपयोग करने के लिए, आपको एक इनपुट फ़ाइल की आवश्यकता है जिसमें एमिनो एसिड अनुक्रम और इन अनुक्रमों की पेड़ टोपोलॉजी शामिल है (उदाहरण के लिए lysozyme.aaa देखें)। यह फ़ाइल दो संख्याओं से शुरू होती है: अनुक्रमों की संख्या और एमिनो एसिड साइटों की संख्या (अनुक्रम लंबाई)। दूसरी पंक्ति पहले अनुक्रम का नाम होगा, और तीसरी पंक्ति पहला अनुक्रम होगा, और इसी तरह। अनुक्रमों में 20 एमिनो एसिड के लिए केवल एक अक्षर कोड (पूंजीकृत) की अनुमति है। अनुक्रमों को गठबंधन किया जाना चाहिए और अंतराल या किसी भी अन्य प्रतीकों को पहले ही हटा दिया जाना चाहिए। फ़ाइल की अंतिम पंक्ति अनुक्रमों की वृक्ष टोपोलॉजी है। वृक्ष प्रारूप वही है जो फिलिप पैकेज (फेल्सेस्टीन 1995) में उपयोग किया जाता है। ध्यान दें कि पेड़ अनवरोधित है, इसलिए गहरी शाखा नोड के लिए बाध्यता के बजाय त्रिणी की आवश्यकता होती है

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