कोयला जीन पेड़ की संभावनाओं की गणना के लिए एक छोटा सा उपकरण
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कोयला विवरण

कोयला कार्यक्रम जीन पेड़ की संभावनाओं की गणना के लिए एक छोटा सा उपकरण बनने के लिए विकसित किया गया था और कोलेसेसेंट मॉडल के तहत प्रजातियों के पेड़ों में जीन के पेड़ों को अनुकरण किया गया था। मुख्य विशेषताएं: जीन ट्री टोपोलॉजीज की संभावनाओं की गणना एक निश्चित प्रजाति पेड़ दी गई है जो एक निश्चित प्रजाति पेड़ दी गई है जो कोलाइडेंट इकाइयों में निर्दिष्ट शाखा की लंबाई (पीढ़ियों की संख्या दोहराव वाली आबादी के लिए प्रभावी आबादी के आकार से विभाजित)। दोनों पेड़ों को द्विभाजित माना जाता है, हालांकि प्रजातियों के पेड़ की शाखा की लंबाई को इसके चारों ओर पाने के लिए शून्य पर सेट किया जा सकता है। प्रजातियों के भीतर नमूने वाले एकाधिक (या शून्य) व्यक्तियों की अनुमति है, लेकिन नोटेशन विशिष्ट है; व्यक्तियों के लिए लेबल एक हाइफ़न, फिर एक संख्या के बाद प्रजाति का नाम होना चाहिए। उदाहरण के लिए, यदि ए एक प्रजाति का नाम है, तो जीन से नमूने वाले जीन को ए -1, ए -2, आदि कहा जाना चाहिए। तीन इनपुट फाइलें हैं: न्यूइक प्रारूप में प्रजाति के पेड़ के साथ एक प्रजाति पेड़ फ़ाइल; न्यूइक प्रारूप में जीन पेड़ों के साथ एक जीन पेड़ फ़ाइल; और प्रजातियों और जीन पेड़ फ़ाइलों, टैक्स की संख्या, और आउटपुट के विकल्प सहित कमांड के साथ एक इनपुट फ़ाइल। आउटपुट विकल्प कॉलन्सेंट इतिहास सूचीबद्ध होने की अनुमति देते हैं या नहीं। यदि ऐसा है, तो जीन पेड़ की संभावनाओं के लिए प्रतीकात्मक सूत्र P_ {UV} शर्तों (पेपर देखें) के संदर्भ में दिया जा सकता है। अन्य विकल्पों में जीन पेड़ टोपोलॉजी मुद्रण, प्रत्येक प्रजाति पेड़ के भीतर जीन पेड़ों के लिए संचयी संभावनाओं की गणना करना, और संकलित इतिहास की संख्या की गणना करना शामिल है। विभिन्न विकल्पों के लिए सहायता फ़ाइल देखें। जीन के पेड़ों को प्रजाति के पेड़ों के भीतर अनुकरण किया जा सकता है। वर्तमान में यह प्रजाति के मामले में एक जीन तक ही सीमित है और प्रजातियों के पेड़ में निरंतर आबादी के आकार की आवश्यकता होती है। जीन पेड़ उत्पन्न होते हैं ताकि उप-दरों को विशिष्ट रूप से घुमाया जा सके। उदाहरण के लिए, यदि ((ए, बी), सी) एक सबट्री है, (सी, (ए, बी)) उत्पन्न नहीं किया जाएगा।

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