एमएमपी एक आधुनिक पूर्ण-विशेषीकृत आणविक यांत्रिकी
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एमएमपी विवरण

एमएमपी आवेदन एक आधुनिक पूर्ण-विशेषीकृत आण्विक यांत्रिकी, गतिशीलता और मॉडलिंग कार्यक्रम के रूप में विकसित किया गया था। यह प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और अन्य पॉलिमर सहित छोटे अणुओं और मैक्रोमोल्यूल दोनों में हेरफेर कर सकता है। मानक सुविधाओं के अलावा, जैसे संख्यात्मक रूप से स्थिर आण्विक गतिशीलता, लंबी दूरी की क्षमता और मजबूत संरचनात्मक अनुकूलकों की गणना में सभी परमाणुओं को शामिल करने के लिए फास्ट मल्टीप्लोम विधि, इसमें क्षमताओं की एक लचीली पसंद है और अणुओं में हेरफेर करने और व्यक्तिगत विश्लेषण करने के लिए एक सरल लेकिन शक्तिशाली क्षमता है ऊर्जा शब्द। कई अन्य कार्यक्रमों में एक बड़ा लाभ यह है कि गैर-मानक बहुलक संबंधों, असामान्य लिगैंड्स या गैर-मानक अवशेषों को पेश करना आसान है। लापता हाइड्रोजन परमाणुओं को जोड़ना और आंशिक संरचनाओं को पूरा करना, जो कई कार्यक्रमों के लिए मुश्किल हैं, एमएमपी में सीधा हैं। AMMP केवल अपनी भाषा को समझता है। आप इसे एमएमपी भाषा में संकलित करके एक मौजूदा समन्वय फ़ाइल पढ़ते हैं। कार्यक्रम preammp (prewin) यह करता है। Preammp को अपने आप चलाया जा सकता है, या AMMP95 में फ़ाइल मेनू से कहा जा सकता है। Preammp को कई इनपुट की आवश्यकता होती है। आपको उनमें से प्रत्येक के लिए विंडोज फ़ाइल चॉइस मेनू के साथ संकेत दिया जाएगा। यदि आप इसे पसंद नहीं करते हैं तो बस विंडो को रद्द करें और प्रीविन मैन विंडो में फ़ाइल नाम दर्ज करें (यह वर्णन करने के लिए आसान है!)। जब आपके पास कोई फ़ाइल नहीं होती है, जैसे कि स्क्रैच से निर्देशांक उत्पन्न करते समय आपको दोनों विंडोज फ़ाइल पसंद मेनू को रद्द करने की आवश्यकता होगी और फिर मुख्य विंडो के लिए रिटर्न दर्ज करें। Preammp केवल एक समय में एक अवशेष का काम करता है। आपको एक बहुलक में इंटरमॉनॉन लिंकेज की आपूर्ति करने की आवश्यकता होगी। Peplink.amp (प्रोटीन के लिए) और ndick.amp (मानक डीएनए / आरएनए लिंकेज के लिए) जैसे स्क्रिप्ट की आपूर्ति की जाती है। ये डायमर के लिए टेम्पलेट उत्पन्न करके और उचित शर्तों को निकालने के द्वारा उत्पन्न किए गए थे। एक स्वचालित स्क्रिप्ट में परमाणुओं और क्षमताओं में हेरफेर करने का तरीका यह देखने के लिए भी एक अच्छी जगह है। एक नया अणु बनाने के लिए आपको पहले एक टेम्पलेट को परिभाषित करना होगा। फिर आप preammp चलाते हैं। जब PREAMMP एक समन्वय सेट के लिए पूछता है तो कोई फ़ाइल नाम दर्ज न करें। मौजूदा अणु मामले के विपरीत, Preammp निर्देशांक से स्वचालित रूप से अणु को स्वचालित रूप से देखने में सक्षम नहीं होगा। तो आपको अणु नाम दर्ज करने के लिए कहा जाएगा। यह पीडीबी प्रारूप में फिट होने के लिए तीन पात्रों तक सीमित है। (इसके बारे में क्षमा करें, लेकिन यह कैसे है)।

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