आरडीएम मंडल आरएनए माध्यमिक संरचना के तुलनात्मक विश्लेषण को स्वचालित करने के लिए एक कार्यक्रम
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आरडीएम मंडल विवरण

आरडीएम सर्कल एप्लिकेशन को तुलनात्मक विधि का उपयोग करके आरएनए माध्यमिक संरचना का अनुमान लगाने के लिए एक प्रयोगात्मक विंडोज प्रोग्राम बनने के लिए डिज़ाइन किया गया था। तुलनात्मक विश्लेषण आरएनए माध्यमिक संरचना का अनुमान लगाने की पसंदीदा विधि है, लेकिन इसके उपयोग में काफी विशेषज्ञता और मैन्युअल प्रयास की आवश्यकता होती है। सटीक अनुक्रम संरेखण और phylogenetic विश्लेषण के लिए माध्यमिक संरचना के महत्व के रूप में तेजी से महसूस किया जाता है, विविध टैक्सोनोमिक समूहों के लिए माध्यमिक संरचना मॉडल की आवश्यकता अधिक दबाव हो जाती है। अधिकतम वजन मिलान (एमडब्ल्यूएम) आरएनए माध्यमिक संरचना का अनुमान लगाने के लिए ग्राफ-सैद्धांतिक दृष्टिकोण है जो काफी वादा दिखाता है। इसमें बेस जोड़ी स्कोर का एक सेट इनपुट होता है जिसे स्रोतों की एक श्रृंखला से प्राप्त किया जा सकता है, जैसे कि मुक्त ऊर्जा विचार, पारस्परिक जानकारी, या प्रयोगात्मक डेटा। इन आंकड़ों को एक तहखाने ग्राफ के रूप में दर्शाया जा सकता है जहां शिखर संरेखण पद होते हैं, और पंक्तियों की एक जोड़ी को जोड़ने वाली रेखाओं या किनारों को उस युग्मन के साक्ष्य की मात्रा के लिए आनुपातिक होता है। एक मिलान फोल्डिंग ग्राफ़ का एक उपग्रह है जिसमें एक से अधिक वर्टेक्स से कोई भी वर्टेक्स कनेक्ट नहीं होता है। सबसे बड़े कुल किनारे के वजन के साथ मिलकर आरएनए संरचना का सबसे अच्छा अनुमान माना जाता है। इस मिलान में माध्यमिक और तृतीयक संरचना जैसे स्यूडोकनॉट्स दोनों पर जानकारी शामिल हो सकती है। एमडब्ल्यूएम आरएनए अनुक्रमों के तुलनात्मक संरचना विश्लेषण की प्रक्रिया को बहुत तेज कर सकता है, और टीआरएनए, एसआरपी आरएनए, और 16 एस आरआरएनए अनुक्रमों पर सफलतापूर्वक परीक्षण किया गया है।

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