आण्विक डायनेमिक्स मॉडल एक छोटा, जावा आधारित अनुप्रयोग है जो 3 आणविक व्यास की दूरी पर छेड़छाड़ किए गए लेनदार-जोन्स की क्षमता का उपयोग करके विकसित किया गया है। अणुओं की गति न्यूटन के कानूनों द्वारा शासित होती है, जो संकेतित समय चरण के साथ वर्ल एल्गोरिदम का उपयोग करके अनुमानित है। पर्याप्त रूप से छोटे समय के लिए डीटी, सिस्टम की कुल ऊर्जा को लगभग संरक्षित किया जाना चाहिए।
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