Lutefiskxp lutefiskxp एक एएनएसआई सी अनुपालन सॉफ्टवेयर है जो टेंडेम मास स्पेक्ट्रा से नई पेप्टाइड अनुक्रमण करने के लिए उपयोग किया जाता है।
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पेप्टाइड पेप्टाइड अनुक्रमण टेंडेम मास स्पेक्ट्रा अनुक्रमण मिलकर

Lutefiskxp विवरण

Lutefiskxp एक एएनएसआई सी अनुपालन सॉफ्टवेयर है जो टेंडेम मास स्पेक्ट्रा से नई पेप्टाइड अनुक्रमण करने के लिए उपयोग किया जाता है। Lutefiskxp एक एएनएसआई सी अनुपालन सॉफ्टवेयर है जो टेंडेम मास स्पेक्ट्रा से नई पेप्टाइड अनुक्रमण करने के लिए उपयोग किया जाता है। ल्यूटफिस्क पेप्टाइड सीआईडी ​​स्पेक्ट्रा की डी नोवो व्याख्या के लिए सॉफ्टवेयर है। पेप्टाइड्स के उच्च गुणवत्ता वाले टेंडेम द्रव्यमान स्पेक्ट्रा को अक्सर प्राप्त किया जाता है जिसके लिए कोई सटीक डेटाबेस मैच नहीं बनाया जा सकता है। हमें इस सवाल का सामना करना पड़ा है कि जांच के तहत प्रोटीन उपन्यास है, या यदि गैर-मिलान करने वाले स्पेक्ट्रा कम रोमांचक संभावनाओं के कारण हैं या नहीं। जैसे अंतर-प्रजाति भिन्नता, डेटाबेस अनुक्रम त्रुटियां, या अप्रत्याशित प्रोटीलाइटिक क्लेवाज। इस समस्या को संबोधित करने के लिए हम कंप्यूटर प्रोग्राम ल्यूटफिस्क का उपयोग कर सीआईडी ​​स्पेक्ट्र्रा का एक नोवॉटरप्रेटेशन करते हैं; हालांकि, ऐसी कोई भी व्याख्या लगभग कई अनुक्रम उम्मीदवारों को जन्म देती है, जहां गलत लोगों से सही अनुक्रम को अलग करना अक्सर मुश्किल या असंभव होता है। उम्मीदवार अनुक्रमों के बीच की विविधताएं अक्सर मामूली होती हैं और आमतौर पर डिप्टीइड इनवर्जन शामिल होती हैं, जो एक ही द्रव्यमान के द्विध्रुप्त होती हैं , एक ही द्रव्यमान के एकल एमिनो एसिड के साथ dipeptides के प्रतिस्थापन, और एक ही द्रव्यमान के dipeptides द्वारा एमिनो एसिड के प्रतिस्थापन। हम एक दूसरे कार्यक्रम में क्वेरी अनुक्रमों के रूप में ल्यूटफिस्क द्वारा उत्पादित एकाधिक अनुक्रम उम्मीदवारों का उपयोग करते हैं। CIDIDIFY एलेक्स टेलर द्वारा संशोधित बिल पियरसन के फास्टा एल्गोरिदम का एक संस्करण है जो कई क्वेरी अनुक्रमों, अस्पष्ट द्विप्टाइड्स और आइसोबैरिक द्रव्यमान समकक्षों जैसे एमएस बारीकियों को समायोजित करने के लिए है। यूनिक्स के बाद संग्रहण पर पुनर्निर्मित करना, अपने सिस्टम के लिए मेकफ़ाइल को "मेकफ़ाइल" में कॉपी करें। "ल्यूटफिस्क" कमांड का उपयोग करें पैराम्स फ़ाइल pathname -r = अवशेष फ़ाइल pathname -s = डेटाबेस अनुक्रमों के साथ फ़ाइल का पथ -v = verbose मोड पर डेटाबेस अनुक्रमों के साथ (डिफ़ॉल्ट बंद)

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