जैव :: संरेखण जैव :: alignio alignio प्रारूपों के लिए एक हैंडलर है।
अब डाउनलोड करो

जैव :: संरेखण रैंकिंग और सारांश

जैव :: संरेखण टैग

पर्ल मॉड्यूल पर्ल हैंडलर AlignIO हैंडलर जैव संरेखण संरेखण

जैव :: संरेखण विवरण

जैव :: AlignIO AlignIO प्रारूपों के लिए कोई हैंडलर है। जैव :: AlignIO AlignIO formats.SYNOPSIS उपयोग जैव :: AlignIO के लिए कोई हैंडलर है; $ Inputfilename = "testaln.fasta"; = जैव :: AlignIO-> नई (-file => $ inputfilename, '-format' => 'fasta') में $; बाहर $ = जैव :: AlignIO-> नई (-file => "> out.aln.pfam", '-format' => 'Pfam'); # नोट: हम शिकायत से पुराने पर्ल के रखने के लिए -format बोली। जबकि (मेरे $ AlN = $ in-> next_aln ()) {$ बाहर> write_aln ($ AlN); } जैव का उपयोग #or :: AlignIO; $ Inputfilename = "testaln.fasta"; = जैव में $ :: AlignIO-> newFh (-file => $ inputfilename, '-format' => 'fasta'); बाहर $ = जैव :: AlignIO-> newFh ( '- प्रारूप' => 'Pfam'); # दुनिया का सबसे छोटा Fastapfam प्रारूप कनवर्टर: बाहर $ $ प्रिंट _ जबकि; जैव :: AlignIO AlignIO सेट में प्रारूपों (जैसे, जैव :: AlignIO :: fasta) के लिए कोई हैंडलर मॉड्यूल है। यह संरेखण वस्तुओं, जो ज्यादातर लोगों का उपयोग करना चाहिए पर होने का आधिकारिक तौर पर स्वीकृत तरीका है। जिसके परिणामस्वरूप संरेखण एक जैव :: संरेखित :: AlignI अनुरूप वस्तु है। जैव देखें :: संरेखित :: अधिक जानकारी के विचार के लिए AlignI एक विशिष्ट प्रारूप के लिए एक धारा वस्तु अनुरोध है कि है। सभी स्ट्रीम ऑब्जेक्ट से पढ़ने के लिए या करने के लिए लिखा है एक आंतरिक फ़ाइल की एक धारणा है। एक विशेष AlignIO वस्तु दृष्टान्त या तो इनपुट या आउटपुट के लिए कॉन्फ़िगर किया गया है। एक धारा वस्तु का एक विशिष्ट उदाहरण जैव :: AlignIO है :: fasta object.Each धारा वस्तु कार्यों $ stream-> next_aln () है, और $ stream-> write_aln ($ AlN); भी $ stream-> प्रकार () # रिटर्न 'INPUT' या 'OUTPUT'As एक अतिरिक्त बोनस के लिए, आप एक filehandle AlignIO वस्तु से जुड़ा हुआ है कि ठीक हो सकता है, आप मानक का उपयोग करें और पढ़ने के लिए और लिखने अनुक्रम वस्तुओं संचालन प्रिंट कर सकते हैं: उपयोग जैव :: AlignIO; # मानक इनपुट $ धारा = जैव से पढ़ा :: AlignIO-> newFh (-format => 'Fasta'); जबकि ($ AlN =) {# $ AlN साथ कुछ करना} और $ धारा $ AlN प्रिंट; # जब धारा उत्पादन modeThis में है सबसे आसान कभी reformatter # / usr / स्थानीय / bin / perl $ format1 = पारी बनाता है!; $ Format2 = पारी || मर "उपयोग: पुनः स्वरूपित format1 format2 उत्पादन"; जैव :: alignio का उपयोग करें; = जैव :: AlignIO-> newFh (-format => $ format1) में $; बाहर $ = जैव :: AlignIO-> newFh (-format => $ format2); # नोट: यदि आप शिकायत से # पुराने पर्ल के रखने के लिए बोली -format कर सकते हैं। $ बाहर $ प्रिंट _ जबकि <$ में>; AlignIO.pm मॉड्यूल SeqIO.pm और शेयरों सबसे SeqIO.pm सुविधाओं पर नमूनों है। एक महत्वपूर्ण अंतर वर्तमान कि AlignIO.pm आमतौर पर आईओ केवल एक ही संरेखण के लिए एक समय में (SeqIO.pm एक एकल स्ट्रीम में एकाधिक दृश्यों के लिए आईओ को संभालती है।) इस के लिए प्रमुख कारण यह है कि एक साथ कई दृश्यों से निपटने जबकि एक आम है संभालती है आवश्यकता, कई संरेखण के एक साथ निपटने नहीं है। केवल वर्तमान अपवाद स्वरूप "bl2seq" जो ब्लास्ट bl2seq कार्यक्रम और जो कई संरेखण जोड़े उत्पादन हो सकता है के परिणामों को पार्स करता है। संरेखण जोड़े का यह सेट एक से अधिक से अधिक संरेखण के लिए आईओ के लिए next_aln.Capability करने के लिए कई कॉल का उपयोग पढ़ा जा सकता है - bl2seq प्रारूप के लिए अन्य की तुलना में - (जो इस प्रकार की Pfam पुस्तकालयों के लिए आईओ के रूप में कुछ अनुप्रयोगों के लिए उपयोग की जा सकता है) में शामिल किया जा सकता भविष्य। इस कारण से हम नाम रखने "next_aln ()" संरेखण इनपुट दिनचर्या के लिए, भले ही ज्यादातर मामलों में सिर्फ एक ही संरेखण एक समय और नाम "read_aln ()" में पढ़ा जाता है (या लिखित) और अधिक उपयुक्त हो सकता है। आवश्यकताएं: · पर्ल

जैव :: संरेखण संबंधित सॉफ्टवेयर