एस्गर्ड
अब डाउनलोड करो

एस्गर्ड रैंकिंग और सारांश

एस्गर्ड टैग

चयापचय मार्ग मार्ग पुनर्निर्माण जैविक अनुक्रम एनोटेशन चयापचय मार्ग पुनर्निर्माण

एस्गर्ड विवरण

असगार्ड एक चयापचय मार्ग पुनर्निर्माण सॉफ्टवेयर है। असगार्ड एक चयापचय मार्ग पुनर्निर्माण सॉफ्टवेयर है, लेकिन अन्य प्रकार के जैविक अनुक्रम एनोटेशन भी उत्पन्न करता है (गो संख्या, विस्फोट रिपोर्ट)। असगार्ड टूल का उद्देश्य यूनिक्स जैसी प्रणालियों में चलाया जाना है, और एसजीई या पीबीएस.कार्ड का समर्थन करता है और इसके दस्तावेज जीएनयू जीपीएल वी .3 और जीएनयू एफडीएल वी। 1.2 के तहत जारी किए जाते हैं लाइसेंस) यदि आप स्प्लिटर के लिए स्रोत कोड चाहते हैं, तो कृपया मुझसे संपर्क करें, या इसे सीधे एम्बॉस वितरण से प्राप्त करें। कृपया / DOC निर्देशिका में मैन्युअल (डॉक्टर / asg_manual.pdf) को / doc निर्देशिका में और उपयोगिता के साथ-साथ उपयोगिता के साथ विवरण के लिए देखें। Options : -वी प्रोग्राम संस्करण प्रदर्शित करता है और निकलता है; -एच इस सहायता संदेश को प्रदर्शित करता है और बाहर निकलता है; इस कार्यक्रम को लंबे डीएनए अनुक्रमों या जीन आकार के डीएनए या प्रोटीन अनुक्रमों से शुरू किया जा सकता है। -W इस विकल्प का उपयोग करें यदि आपके पास एनोटेट के लिए छोटे अनुक्रम हैं - उन्हें विस्फोट के लिए छोटे अनुक्रमों में नहीं तोड़ा जाएगा। (डिफ़ॉल्ट: लंबे अनुक्रम) - जीएफएफ फ़ाइल नहीं बनाई गई है, -जी और -s को अनदेखा किया जाता है; -बी सामान्य डीबी के खिलाफ पहले विस्फोट करें और रोकें (कोई चयापचय पुनर्निर्माण नहीं); -क्यू पाइपलाइन के दूसरे चरण से शुरू करें (पहले सामान्य डीबी के खिलाफ विस्फोट किया गया); -जेड केवल पाइपलाइन का अंतिम चरण (दूसरा, "रिवर्स" विस्फोट पहले से ही किया गया है); अनिवार्य: -मैं फास्टा फ़ाइल अनुक्रम (ओं) के साथ आप एनोटेट करना चाहते हैं; -पी विस्फोट कार्यक्रम का उपयोग करने के लिए, ब्लास्टन, ब्लास्टप, ब्लास्टएक्स, टब्बेस्टन या टीबीएलएटीएक्स में से एक (विस्फोट दस्तावेज़ीकरण से परामर्श लें यदि आप नहीं जानते कि कौन सा उपयोग करना है); -D ब्लास्ट डेटाबेस का उपयोग करने के लिए (फॉर्मेट डीबी द्वारा उत्पन्न, विस्फोट दस्तावेज़ देखें; चयापचय पुनर्निर्माण के लिए, यह डेटाबेस आदर्श रूप से स्विसप्रोट से व्युत्पन्न है; केवल सामान्य विस्फोट के लिए, कोई भी डेटाबेस करेगा); * -एफ फ़ाइल विस्फोट डेटाबेस के अनुरूप फास्टा अनुक्रमों के साथ; - पुनर्निर्माण (-z) के अंतिम चरण के लिए आवश्यक फ़ाइलों का स्थान; वैकल्पिक: - ई-वैल्यू विस्फोट खोजों में उपयोग करने के लिए (डिफ़ॉल्ट: 1e-6); -P शेड्यूलिंग सॉफ्टवेयर (पीबीएस / एसजीई) में नौकरियां जमा नहीं करते हैं; -जे प्रत्येक विस्फोट खोज (10) में वापस आने के लिए हिट की अधिकतम संख्या; -एम विस्फोट परिणामों के लिए आउटपुट प्रारूप (केवल -B के लिए मान्य, डिफ़ॉल्ट: 8); -S आकार मूल अनुक्रम को तोड़ने के लिए, यदि आप -W (500 बीपी) का उपयोग नहीं कर रहे हैं; विस्फोट के लिए उपयोग करने के लिए नोड्स की संख्या, पहले पुनरावृत्ति (10); प्रत्येक विस्फोट कमांड (1) के लिए उपयोग करने के लिए प्रति नोड प्रोसेसर की संख्या; -के मध्यस्थ फ़ाइलों (विस्फोट डेटाबेस और परिणाम) रखें, डिफ़ॉल्ट उन्हें हटा रहा है - वे बहुत सारी जगह ले सकते हैं। -बी कोई अतिरिक्त पैरामीटर जिन्हें आप विस्फोट के लिए उपयोग करना चाहते हैं, इसे उद्धरण (डबल या सिंगल) से घिरा होना चाहिए, जैसे "-एफ एफ" या '-एफ एफ', उदाहरण के लिए, या आउटपुट गलत होगा।

एस्गर्ड संबंधित सॉफ्टवेयर